Krankheiten und Schädlinge können auch im Haus- und Kleingarten die angebauten Pflanzen erheblich beeinträchtigen. Im Gegensatz zum gewerblichen Pflanzenanbau steht beim Freizeitgärtner die Wirtschaftlichkeit nicht im Vordergrund. Hier besteht die Möglichkeit, die Pflanzen optimal zu pflegen oder auch mal eine kranke Pflanze zu entfernen.

Gemäß den Prinzipien des Integrierten Pflanzenschutzes gilt es, vorrangig nichtchemische Pflanzenschutzmaßnahmen durchzuführen. Dazu gehört z. B. die mechanische Unkrautbekämpfung (Hacken etc.), das Absammeln von Schädlingen (Kartoffelkäfer etc.), der Schutz von Nützlingen (Nistkästen etc.) oder die Verwendung von Mitteln des biologischen Pflanzenschutzes (Bakterien-Präparate etc.).

Auch chemische Pflanzenschutzmittel (PSM) sind für den Haus- und Kleingarten amtlich zugelassen. Jedoch sollte auf die Anwendung von PSM möglichst in diesem Bereich verzichtet werden. Bei diesen Mitteln müssen sehr viele Vorgaben zum Schutz von Mensch, Tier und Natur eingehalten werden. Zudem gestaltet sich die Einhaltung der korrekten Aufwandmenge und auch die Lagerung der Mittel schwierig.

Hinweise und aktuelle Informationen zu Pflanzenschutzmaßnahmen im Haus- und Kleingarten sind auf den Thüringen-Seiten im Informationssystem Integrierte Pflanzenproduktion e.V. (ISIP).